Trước đây, Phú Hòa là một xã thuộc huyện Thoại Sơn.

Ngày 22 tháng 3 năm 2002, Chính phủ ban hành Nghị định 29/2002/NĐ-CP[1]. Theo đó:

• Thành lập thị trấn Phú Hòa trên cơ sở 523 ha diện tích tự nhiên và 9.033 người của xã Phú Hoà; 220 ha diện tích tự nhiên và 2.056 người của xã Vĩnh Trạch
• Đổi tên xã Phú Hòa thành xã Phú Thuận

Sau khi thành lập, thị trấn Phú Hòa có 743 ha diện tích tự nhiên và 11.089 người.